De specialiserede efterforskningsafdelinger på hovedstationen i Aarhus løser opgaver, der er særligt komplekse og efterforskningsmæssigt tunge.  

Efterforskningen er opdelt i følgende sektioner:

• Personfarlig kriminalitet
• Økonomisk og Organiseret kriminalitet 

De to sektioner får støtte fra Teknisk Efterforskning – en afdeling, som råder over særligt materiel og specialuddannet personale.